Formó parte de la Villa de San Miguelito desde 1676 hasta 1971. El barrio fue fundado por indígenas en 1676, se tiene noticia de que para 1701 ya poseía una capilla; en 1797 ya estaba formada su plaza y para este año ya había empezado la obra del templo actual para terminarla en 1823; la torre se terminó en 1873 de estilo neoclásico.

En 1962 inició el recubrimiento de la fachada con losetas de cantera, anulando el equilibrio que ofrecía el contraste entre los muros encalados y la piedra, su portada principal fue terminada hace pocos años.

En un principio, los oficios litúrgicos se realizaron muy esporádicamente. Estaba regida por seglares organizados en una Junta Católica formada por una directiva y vocales.

El 29 de julio de 1971, se hizo la erección como Vicaría Fija. La erección como parroquia fue el 24 de abril de 1987. Por su extensión territorial, ha dado origen a las parroquias de San Martín de Porres y Santa Cruz del Calvario. La urbanística de San Juan de Guadalupe se modificó cuando se prolongó la Av. Himno Nacional hasta la Av. Juárez, hoy Calzada de Guadalupe.

Se tienen noticias que para 1937 aparece el nombre del sacerdote encargado del templo el Sr. Pbro. Joaquín González; posteriormente, para 1942, aparece el Pbro. Félix Madrazo; para 1945, el Pbro. Herminio Pérez; para 1946, aparece como primer capellán del templo, el Pbro. Juan Pablo Alanis; para 1963, el Pbro. Ricardo Tristán; para 1968, el Pbro. José Luis Cebrián; para 1971, el Pbro. Álvaro Rivera de León (primer vicario fijo); para 1975, el Pbro. Abraham Ibarra Rodríguez; para 1980, el Pbro. Fortino Pérez Blanco; para 1982, el Pbro. José Guadalupe Guzmán, para 1987 quien es nombrado primer párroco; para 1991, el Pbro. José Luis Guzmán Pérez (administrador parroquial); para 1992, el Pbro. Antonio García Rivera (segundo párroco); para 1993, el Pbro. Juan López Medina (vicario parroquial); para 1999, el Pbro. José Robledo Landeros, como adscrito; y para el 2002, el Pbro. Cenobio Miranda Esparza (tercero y actual párroco).

ACONTECIMIENTOS IMPORTANTES A PARTIR DE SER PARROQUIA

1. En la portada del templo se aprecia una escultura de cantera de San Juan Bautista.
2. Construcción de la Casa Sacerdotal (1987).
3. Bendición de la Casa Sacerdotal (1989) por el Sr. Arzobispo emérito Don Arturo Antonio Szymansky.
4. La parroquia de La Santa Cruz del Calvario, pasó a ser parroquia desmembrada de San Juan de Guadalupe (1997).
5. Derribación de la casa cural antigua y construcción de la actual con todos sus anexos: salón de juntas, cinco salones de catequesis, oficinas, sala de estar, todo esto en el período del Pbro. Antonio García Rivera. (1992-2002).

Todos los sacerdotes que han estado al frente de esta parroquia, han trabajado en lo pastoral, en lo social y en lo material para las restauraciones que se le han tenido que hacer al templo para su conservación. Se han rescatado fotografías de obispos, cuadros de imágenes y un santo desconocido, para arreglarlos y colocarlos en un lugar digno, puesto que estaban casi en la basura. También se han desempolvado obras muy antiguas de administración del año 1923 y otras de lectura, devociones en latín y en francés.

Las parroquias que limitan con ella son:
Al Norte: Parroquia de San Miguel Arcángel (Barrio de San Miguelito).
Al Oeste: Santuario Basílica de Nuestra Sra. de Guadalupe. Santuario de Nuestra Sra. de Lourdes (Ejido Simón Díaz), Parroquia de San Martín de Porres (Col. Satélite)
Al Sur: Parroquia de la Santa Cruz del Calvario (Col. Gral. I. Martínez)
Al Poniente: Parroquia de San Pío X (Col. Himno Nacional 1ª sección)
Recopilado por José de Jesús Piña Arriaga